Powstanie Kalwarii Pakoskiej
Według źródeł, które pomysł utworzenia w Pakości Nowej Jerozolimy pochodzi od proboszcza tego miasta, księdza Alberta (niektóre źródła podają Adalbeta, Woyciecha) Kęsickiego. Okres jego przybycia i posługi duszpasterskiej w parafii pakoskiej zbiega się z zakończeniem kontrowersji międzywyznaniowych w mieście.
Proboszcz, przedstawiony w kronice klasztornej jako gorliwy duszpasterz, w celu umocnienia pobożności wiernych, ożywienia i rozwinięcia kultu Ukrzyżowanego, w 1628 roku wyznaczył, na podstawie dzieła Adrychomiusza, ścieżki odwzorowujące szlaki jerozolimskie a drewnianymi krzyżami oznaczył miejsca poszczególnych stacji. On to, wiosną 1628 roku, odprawił pierwsze nabożeństwo.
Pomysł takiej formy pobożności od razu spodobał się właścicielom miasta tak bardzo, że podarowali własne tereny, na których dokonywała się celebracja. Darowizna dotyczyła zarówno miejsc, na których znajdowały się krzyże, wraz z otaczającymi je placami, jak i wolnych przejść między poszczególnymi stacjami.
W celu zapewnienia ochrony prawnej fundacji, a także by otrzymać zatwierdzenie tej formy kultu, ksiądz Kęsicki zwrócił się do arcybiskupa gnieźnieńskiego, który to, dokonawszy oceny przypadku i skontrolowawszy dokumenty darowizny, oficjalnym pismem datowanym 5 marca 1631 roku, potwierdził fundację Kalwarii w Pakości. W ciągu pierwszych 4 lat istnienia kalwarii jej jedynym budowniczym, promotorem i opiekunem był ks. Albert Kęsicki.Sytuacja zmieniła się wraz z przybyciem do Pakości Zakonu Braci Mniejszych Reformatów.
Sprowadzenie franciszkanów.
Klasztor pakoski jest dwunastą fundacją tego zakonu w Polsce. Motyw sprowadzenia franciszkanów-reformatów jest jasny: opieka nad nowopowstałą kalwarią i krzewienie kultu Ukrzyżowanego. Zachęcony prawdopodobnie przez ks. Kęsickiego, Paweł Działyński 2 sierpnia 1631 r. skierował prośbę do komisarza generalnego prowincji zakonnej, ojca Prospera a Galbiato, w której zaproponował zakonnikom utworzenie klasztoru w Pakości. Objęcie w posiadanie nowej placówki dokonało się 22 grudnia 1631 roku, przy zachowaniu przepisów prawa i zwyczajów tamtego czasu, w obecności komisarzy upoważnionych do tego aktu przez Arcybiskupa gnieźnieńskiego, Prymasa Polski Jana Wężyka. Stwierdziwszy brak jakiegokolwiek sprzeciwu, komisarze powierzyli braciom miejsce pod konwent i kościół.
Na zbudowanie kościoła i klasztoru zakonnicy otrzymali od rodziny Działyńskich plac i ruiny zamku. Ta darowizna została potwierdzona oficjalnymi dokumentami, a tymczasowym miejscem rezydencji reformatów został kościół szpitalny Świętego Ducha.
Na podstawie źródeł można stwierdzić, że reformaci od samego początku rozpoczęli współpracę z księdzem Kęsickim w dziele kalwarii. Pomimo wielu obowiązków związanych z budową własnego kościoła i klasztoru, daje się wyraźnie zauważyć ich obecność i odpowiedzialność za kalwarię, przede wszystkim za jej wymiar duchowy, to jest kazania, nauki i modlitwy na ścieżkach kalwaryjskich. W tym okresie można mówić o pełnej współpracy między Braćmi a proboszczem. Przed 1647 rokiem istnieją już pierwsze kaplice zbudowane z drewna, niektóre zaś murowane.
Zły stan zdrowia, brak pomocy ze strony kleru diecezjalnego i troska, aby dzieło kalwarii, zainicjowane i rozwijające się, nie poszło w zapomnienie, spowodowały rozpoczęcie rozmów proboszcza z władzami zakonnymi w sprawie przejęcia pełnej odpowiedzialności za kalwarię. 10 czerwca 1643 r. ks. Kęsicki uzyskał zgodę biskupa Macieja Łubieńskiego na objęcie przez zakonników zarządu nad Kalwarią Pakoską. W sposób definitywny na kapitule prowincjalnej w Brzezinach 13 października 1646 r. Zakon Braci Mniejszych oficjalnie podjął się zarządzania kalwarią. W Niedzielę Palmową 1647 r. w uroczystym akcie proboszcz Kęsicki przekazał klucze, przywileje i jurysdykcje na ręce reprezentantów prowincji. Niedługo potem, 3 maja 1647 r. w dzień Uroczystości Znalezienia Krzyża Świętego „w cieniu Krzyża zasnął na wieki” i został pochowany między zakonnikami w krypcie kościoła św. Bonawentury.
Kalwaria pod opieką franciszkanów
Przyjąwszy zadanie opieki nad kalwarią bracia z zapałem kontynuowali to dzieło. 17 września 1660 r., została erygowana Prokuratura Kalwarii, zostały ustalone normy funkcjonowania klasztoru i kalwarii oraz wzajemne relacje pomiędzy nimi. Bezpośrednim odpowiedzialnym za kalwarię i wszystko, co się na niej robiło i celebrowało, był prokurator kalwarii, który miał swego pomocnika. W celu zapewnienia stałej posługi kaznodziejskiej mianowany został specjalny kaznodzieja kalwaryjski, niezależnie od kaznodziei klasztornego. W tym czasie trwała już budowa kaplic kalwaryjskich. W celu podkreślenia ważności miejsca, dwie z nich zostały konsekrowane jako kościoły. Chodzi o kaplicę Ukrzyżowania, konsekrowaną 14 września 1691 r. przez biskupa Alberta Stawowskiego i kaplicę Kajfasz – Więzienie, konsekrowaną 4 czerwca 1797 r. przez biskupa Michała Kościerza Kosmowskiego.
Kalwaria Pakoska funkcjonowała nieprzerwanie pod opieką franciszkanów aż do kasaty klasztoru dokonanej przez rząd pruski w 1832 r. W wielkiej mierze był to okres spokojny, chociaż nie brakowało także momentów trudnych. Wśród nich należy wymienić najazd wojsk szwedzkich, który uderzył w kalwarię jeszcze nieuformowaną i niedokończoną w 1654 r. W wyniku tej napaści zostały sprofanowane kaplice, zniszczone drzwi i pocięte niektóre obrazy.
Innym trudnym momentem dla istnienia i funkcjonowania kalwarii były częste epidemie, doświadczające całą XVII wieczną Europę, które dziesiątkowały wsie i miasta. Pakość doświadczyła ich w latach 1656 i 1677.
W roku 1656 dwaj zakonnicy, z powodu choroby, ukryli się w kaplicy Ogród Oliwny i tam zmarli 3 sierpnia. Kaplice kalwaryjskie były świadkami bitwy Konfederatów Barskich z oddziałami rosyjskimi w 1769 r., a 97 poległych konfederatów zostało pochowanych w pobliżu kaplicy Wniebowstąpienie. Należy stwierdzić fakt, iż po zakończeniu budowy kaplic kalwaryjskich, w ciągu wszystkich lat ich istnienia, wielokrotnie wymagały one napraw i remontów. To samo dotyczy dróg i ścieżek kalwaryjskich, które doświadczały szkód zarówno z przyczyn naturalnych, np. podmokły teren, jak i tych uczynionych ludzką ręką. Bardzo poważną szkodą dla funkcjonowania i rozwoju kalwarii był – spowodowany przez przemiany historyczne w Europie – brak jej opiekunów.
Kasata Zakonu Braci Mniejszych
Miasto Pakość już w styczniu 1773 r. zostało wcielone do ziem objętych granicami Królestwa Prus. Postawa rządu pruskiego wobec życia zakonnego była zdecydowanie wroga, bowiem religią państwową był protestantyzm. Ponadto znaczące były też idee Oświecenia. Mimo iż rząd pruski zapewniał tolerancję religijną, stopniowo dążył do ograniczenia a w końcu do zlikwidowania życia zakonnego na nowo zdobytych terytoriach.
Dekretem Ministra spraw wewnętrznych i religii rządu pruskiego, wydanym 5 października 1808, poszczególnym zakonom zakazano przyjmowania nowicjuszy i nakazano przedstawianie co trzy miesiące aktualnego wykazu członków należących do zakonu.
Problemy personalne prowincji spowodowane restrykcjami rządu pruskiego doprowadziły do zamknięcia klasztoru w Pakości, co dokonało się dekretem rządowym z dnia 25 grudnia 1832 r. Reformaci zarządzali jeszcze kalwarią do końca 1837 r., na początku roku 1838 kalwaria została oddana w zarząd miejscowego proboszcza.
W archiwach nie zachowało się zbyt wiele informacji na temat funkcjonowania i wydarzeń na Kalwarii Pakoskiej po kasacie zakonu. Wiemy jednak, że kalwaria, jak dawniej, spełniała swoją pierwotną funkcję religijną i stale dokonywały się na niej celebracje kalwaryjskie. W XIX wieku oprócz dorocznych celebracji Obchodów kalwaryjskich, miały także miejsce celebracje o charakterze religijno-patriotycznym. W 1841 roku kalwaria gościła Arcybiskupa gnieźnieńskiego Marcina Dunina, który w tym miejscu dziękował za uwolnienie z więzienia. W 1864 roku, to jest w roku żałoby narodowej po upadku powstania styczniowego, wielu pielgrzymów z Pakości udało się z pielgrzymką do sanktuarium pasyjnego w Kcyni a potem z powrotem na Kalwarię Pakoską, gdzie przy udziale tysięcznych rzesz celebrowano nieszpory i procesję wśród śpiewów religijnych i patriotycznych.
Wraz z upływem lat kalwaria wymagała stałych prac renowacyjnych. Wśród proboszczów, którzy starali się o poprawienie jej stanu materialnego ks. Kiełczewski wymienia księży: Walentego i Pawła Chądzyńskich, Feliksa Chylewskiego, Józefa Kurzawskiego. Także wielu wiernych świeckich otaczało opieką to święte miejsce i dbało o jego utrzymanie.
W okresie nieobecności franciszkanów kalwaria posiadała zarząd komisaryczny. Pomimo tego stan materialny kaplic pogarszał się. Zimą 1924 roku z inicjatywy ks. Kiełczewskiego, rozpoczęto akcję zbierania funduszy na jej odnowę. Akcja trwała 4 lata, w tym samym czasie rozpoczęto prace restauracyjne na szeroką skalę tak, że jubileusz trzechsetnej rocznicy fundacji kalwaryjskiej celebrowano już na odnowionej kalwarii.
Odzyskanie przez Polskę niepodległości i odnowienie życia franciszkańskiego na ziemiach, które znajdowały się pod zaborem pruskim umożliwiły franciszkanom powrót do ich historycznych klasztorów.
9 września 1931 był dniem powrotu Zakonu Braci Mniejszych do Pakości. Po ponad dziewięćdziesięcioletniej nieobecności, dekretem Prymasa Polski Augusta kard. Hlonda, z dnia 1 września 1931 franciszkanie od 1 października tegoż roku powtórnie objęli zarząd nad Kalwarią Pakoską. Nie powrócili jednak na swoje poprzednie miejsce, to jest do klasztoru św. Bonawentury, który pozostał w strukturach i zarządzie diecezji, lecz wyznaczone dla nich zostało mieszkanie przy kościele Ukrzyżowania, w dawnych zabudowaniach kwestarzy.
Od 1932 r. franciszkanie powtórnie przejęli odpowiedzialność za przygotowywanie celebracji na kalwarii. Wielki napływ pielgrzymów, szczególnie w dniach odpustowych, spowodował konieczność wybudowania ołtarza polowego. Było to jedno z zaleceń wizytacji kanonicznej przeprowadzonej w lutym 1933 roku przez biskupa Antoniego Laubitza. W tym samym roku podczas największej uroczystości odpustowej, tj. 3 maja, pierwszy raz sprawowano sumę odpustową na zewnątrz kościoła.
Od 2 kwietnia 1933 do 2 kwietnia 1934 r. w Kościele powszechnym przeżywano Rok Jubileuszowy, a Kalwaria Pakoska została mianowana jednym z jubileuszowych kościołów stacyjnych. Niestety specjalna kronika jubileuszu, wymieniona w kronice klasztornej, nie zachowała się do naszych czasów. Trudno jest więc powiedzieć coś więcej na temat celebracji, jakie miały miejsce na kalwarii w tym szczególnym czasie.
Początek II Wojny światowej spowodował nie tylko ponowną nieobecność franciszkanów w Pakości, ale również ogromne szkody materialne w kaplicach. 8 października 1941 roku został wywieziony do obozu koncentracyjnego o. Ireneusz Tyma i w ten sposób kalwaria aż do zakończenia wojny pozostała bez żadnej opieki. Mniejsze kaplice stały się miejscem zabaw dla dzieci niemieckich, większe zaś, zostały zamienione na magazyny. Jedynie kaplica Grób Pański zachowała sakralny charakter i przy niej gromadzili się wierni na śpiew i modlitwę w języku polskim.
Bezpośrednio po wojnie opieka nad kalwarią spoczywała w rękach miejscowego proboszcza ks. Lucjana Begera. 21 maja 1945 przybył do Pakości o. Henryk Kania, nowomianowany przełożony klasztoru pakoskiego i on podjął na nowo trud zarządzania kalwarią po okresie przerwy spowodowanej wojną i okupacją niemiecką.
W 1971 roku zostały sfinalizowane rozmowy pomiędzy Prowincją Wniebowzięcia NMP Zakonu Braci Mniejszych i Kurią Archidiecezji Gnieźnieńskiej w sprawie zwrotu kościoła i klasztoru św. Bonawentury w Pakości. Rozmowy te, rozpoczęte już w 1938 i kontynuowane w roku następnym zostały przerwane przez wybuch II Wojny światowej. Pozwolenie Prymasa Stefana kard. Wyszyńskiego na odzyskanie własności zakonu zostało wyrażone w liście Kurii Metropolitalnej Gnieźnieńskiej z dnia 8 czerwca 1971 r. i potwierdzone dekretem Prymasa z 8 czerwca 1976 r. W umowie zawartej pomiędzy Prowincją Wniebowzięcia NMP a Archidiecezją Gnieźnieńską dnia 23 kwietnia 1980 r. franciszkanom zostało powierzone także duszpasterstwo parafialne w Pakości.
Parafia p.w. Pana Jezusa Ukrzyżowanego i Matki Bożej Bolesnej w Pakości została erygowana 6 listopada 1975 roku przez prymasa Polski kard. Stefana Wyszyńskiego.
W Roku Wielkiego Jubileuszu 2000, dekretem Arcybiskupa Gnieźnieńskiego Henryka Muszyńskiego z dnia 10 sierpnia 1999, Kościół Ukrzyżowania został wyznaczony Kościołem stacyjnym.
W Nadzwyczajnym Roku Jubileuszu Miłosierdzia (2016r.), zgodnie z wolą Ojca Świętego Franciszka, zawartą w bulli „Misericordiae vultus”, abp Wojciech Polak Prymas Polski ustanowił Kościół p.w. Pana Jezusa Ukrzyżowanego i Matki Bożej Bolesnej, jednym z miejsc, w którym otwarta była Brama Miłosierdzia i gdzie można było zyskać Jubileuszowy Odpust.