Najważniejsze i największe celebracje Obchodów na Kalwarii Pakoskiej mają miejsce nocą z Wielkiego Czwartku na Wielki Piątek. O godzinie 18.00 w kościele św. Bonawentury celebrowana jest Msza święta Wieczerzy Pańskiej, a potem, o godzinie 20.00, rozpoczyna się pierwsza część Obchodów – Droga Pojmania.

Po modlitwie wstępnej i wzbudzeniu intencji przeżywania Męki Pana i zyskania odpustów przypisanych do celebracji, wyrusza procesja, ze śpiewem pieśni Rozmyślajmy dziś wierni chrześcijanie, do pierwszej kaplicy – Wieczernika, gdzie po wysłuchaniu fragmentu Pisma Świętego, odmawiane są modlitwy związane ze wspominaną tu tajemnicą Ustanowienia Eucharystii, Ojcze nasz, Zdrowaś Maryjo i wezwanie. Następuje procesja do kolejnej stacji. Przy każdej kaplicy – stacji ryt jest taki sam. Podczas tej pierwszej części Obchodów nawiedzane są kaplice: Wieczernik, Pożegnanie z Matką, Ogród oliwny, Judasz, Potok Cedron, Brama jerozolimska, Annasz, Kajfasz – Więzienie. Przy tej ostatniej kaplicy około godziny 23 kończy się celebracja Drogi Pojmania odśpiewaniem „Pieśni na dobranoc Panu Jezusowi”.

O godzinie 3.00 w nocy, śpiewem pieśni „Na dzień dobry Panu Jezusowi”, rozpoczyna się druga cześć celebracji Droga Męki,a pierwszą stacją jest Tajemnica Wyprowadzenie z więzienia. Następnie nawiedzane są kaplice: Piłat – oskarżenie; Herod; Piłat – Jezus skazany na biczowanie, Biczowanie, Ukoronowanie cierniową koroną, Umycie rąk, Oto Człowiek, Skazanie na śmierć; Włożenie krzyża, Pierwszy upadek, Spotkanie z Matką, Szymon z Cyreny, Weronika, Drugi upadek, Pobożne niewiasty, Trzeci upadek, Obnażenie z szat, Przybicie do krzyża, Śmierć na krzyżu, Zdjęcie z krzyża, Złożenie do Grobu.

Według niepisanej tradycji przekazywanej z pokolenia na pokolenie, wierni winni uczestniczyć w obydwu częściach Obchodów, Drodze Pojmania i Drodze Męki.
Uczestniczenie tylko w pierwszej części znaczyłoby pozostawienie Jezusa opuszczonego w Więzieniu.